Resumen : L'héroïne de l'histoire, Yukimura Chizuru est la fille d'un docteur qui travaille à Edo. Un jour, le père part d'Edo, sans sa fille, afin de travailler en tant que médecin volontaire à Kyoto.
Plus le temps passe et plus Chizuru s'inquiète de perdre contact avec son père, elle décide donc de partir à Kyoto à sa recherche.
Sur le chemin, Chizuru est attaquée par un groupe de criminels et est témoin d'un combat entre un Oni et le Shinsengumi. Après l'avoir sauvée, le Shinsengumi se demande ce qu'il doit faire de Chizuru, quand il découvre qu'il s'agit de la fille du docteur qu'il recherche aussi. Il décide donc de devenir le protecteur de Chizuru et de l'aider à retrouver son père.
De nombreux évènements surviendront durant le voyage de Chizuru avec le Shinsengumi au cours duquel ils découvriront de mystérieux secrets et combattront le groupe Bakumatsu.

Hakuoki Shinsengumi Kitan, suivi de Hakuouki Hekketsuroku (10 épisodes) puis Hakuouki Sekkaroku (6 épisodes) puis 2 films et 2 OAV.
Hakuouki Reimeiroku, préquel de 12 épisodes.