Resumen : Un an après la déclaration de guerre de Zéro et la création de l'ordre des chevaliers noirs pour combattre Britannia, Zero semble avoir disparu et les gens pensent qu'il est mort.

Lelouch Lamperouge vit à l'académie Ashford avec son petit frère Rollo. Alors qu'il se rend à un match d'échec, soudain des Knihgtmares apparaissent et un combat éclate. Au milieu de tout ça, C.C. apparaît. Elle va vers Lelouch et lui rend la mémoire.

Il se souvient de son vrai nom, Lelouch Vi Britannia, fils de l'actuel empereur, alias le terroriste Zero, leader de l'ordre des chevaliers noirs. Il se rappelle que son propre père a utilisé le geass pour effacer sa mémoire et lui faire tout oublier, y compris sa sœur Nunally, et lui donné une nouvelle identité, ainsi que son "frère" Rollo qui est en fait un espion de l'empereur. Il va retrouver C.C. et Kallen, puis libérer les chevaliers noirs faits prisonniers afin de repartir en guerre contre Britannia et sauver Nunally.