Resumen : Toujours en quête de devenir le meilleur dresseur de Pokémons, le jeune Sacha continue son périple initiatique semé d'embûches, accompagné de son fidèle et inséparable Pikachu. C'est un renouveau pour le jeune garçon, puisqu'il a laissé derrière lui tous les précieux Pokémons qu'il avait pu gagner auparavant, dans sa ville natale, à l'exception de son petit camarade jaune, son meilleur ami !
Parti pour s'inscrire à la ligue Hoenn et caressant l'espoir de récupérer de nouveaux précieux badges, notre jeune héros va faire de nouvelles rencontres: Tout d'abord, la jeune Flora, qui nourrit le rêve de faire le tour du monde et découvrir de nouveaux horizons. En cela, elle s'est promis de devenir elle aussi une dresseuse Pokémon, bien qu'elle n'apprécie pas plus que cela ces petites bestioles combattives ! Puis, ce sera la rencontre avec le petit Max, le frère de Flora, qui rêve lui aussi d'aventures et obtient l'autorisation de ses parents d'accompagner les deux jeunes amis.

Rejoints plus tard dans leurs péripéties par Pierre, de retour, nos héros vont devoir faire preuve de malice, de ruse et d'audace pour capturer de nombreux nouveaux Pokémons et relever un nombre incalculable de défis tous plus terribles les uns que les autres. S'ils se feront de nouveaux méchants adversaires en la personne de la Team Magma et la Team Aqua, ils auront encore, toujours et surtout à déjouer les manigances de l'indécrottable Team Rocket (James, Jessie et Miaouss)... toujours aussi pathétiques mais toujours aussi déterminés à leur jouer un mauvais tour !