Résumé : Quelques temps ont passé depuis les événements survenus à Alamos. Le Pokémon Giratina, qui a vu sa dimension, appelée le Monde Inversé, perturbée par ces mêmes événements, attaque Dialga en représailles. Mais un autre Pokémon, Shaymin, intervient durant l'affrontement et permet à Dialga de s'enfuir après avoir blessé son adversaire. Shaymin, qui est alors traqué par Giratina, fait la rencontre de Sacha et ses compagnons, et le groupe va être entraîné malgré eux dans le Monde Inversé, où ils seront toutefois secourus par Newton, qui connaît bien cette dimension. Mais les choses s'enveniment encore lorsqu'ils découvrent que Zéro, ex-disciple de Newton, a bien l'intention de profiter de ce chaos pour prendre le contrôle du Monde Inversé !