Résumé : Jin Makata, le mentor de Kaito pendant son enfance, doit encore recouvrer la mémoire. Un jour, une jeune fille, Raetsel, apparaît devant lui, kaito et Luke. Elle prétends que Jin détestait tellement les puzzle qu'il avait fondé une organisation appelée "Master Brain" pour éradiquer les puzzle de la face du monde. Tandis que de nombreux membres de "Master Brain" défient Kaito et ses amis, le plus grand puzzle subsiste : Jin détestait-il les puzzle ou, comme le pense Kaito, les aimait-il ?