Résumé : C’est un film en images de synthèse dont l’histoire se déroule deux ans après la fin de l’histoire du jeu de rôle Final Fantasy VII. On y retrouve les personnages principaux du jeu original, ainsi que des nouveaux.

L'histoire se déroule deux ans après la victoire de Cloud et du groupe AVALANCHE sur Sephiroth.

Depuis sa quasi-destruction par un météore, Midgar n’est plus que l’ombre de ce qu’elle était : une mégapole économique et industrielle, que ses habitants commencent petit à petit à reconstruire. Cependant, une mystérieuse maladie les tourmente. Cloud, devenu livreur, mène une vie calme et vit avec Tifa et des orphelins. Toutefois, atteint par les géostigmates, il s’en éloigne afin que les autres ne s’en aperçoivent pas. Dans le même temps, Kadaj et sa bande cherchent désespérément ce qu'il reste de Jenova. Considérant que Cloud est leur frère aîné et un traître à leur cause, ils décident donc de s'en prendre aux orphelins pour faire sortir Cloud de sa cachette. Affaibli par la maladie, ce dernier va devoir faire appel à ses anciens amis pour régler le problème...