Resumen : Une nouvelle aventure fantastique commence pour le jeune et vaillant dresseur de Pokémon, Sacha, et ses inséparables amis Pierre et Ondine...
Le professeur Spencer Hale, éminent spécialiste de la mythologie Pokémon, a disparu du Centre de Recherche de Greenfield, laissant derrière lui sa fillette, Molly. Au comble de l'angoisse, l'enfant s'en remet à la magie des rêves et se laisse emporter au pays des Zarbi, de mystérieux et redoutables Pokémon qui ont le pouvoir de lire dans les esprits et de façonner des mondes virtuels. Molly s'engage alors dans une nouvelle dimension et se place sous la protection d'une créature géante : Entei, en qui elle croit reconnaître son père.
Quelques jours plus tard, Entei enlève la mère de Sacha, Delia, pour lui faire tenir le rôle de la mère de Molly, mystérieusement disparue deux ans plus tôt. Prisonnière de ses chimères, la fillette ne réalise pas l'imposture, mais, au dehors, un mal étrange se répand à travers Greenfield, transformant cette contrée idyllique en une immense mer de cristal. Tandis que le monde entier s'interroge sur cet inquiétant phénomène, Sacha se lance bravement à la recherche de sa mère...