Resume : 10 ans à peine se sont écoulés depuis la fin des combats entre les clans ninjas Kôga et Iga. La paix est enfin revenue, mettant un terme aux terribles affrontements qui les ont vu s’opposer.
C’est alors que des guerriers inconnus se désignant comme les « Messies de Jôjin », une secte sanguinaire, font leur apparition. Agissant au nom du gouvernement du Shogunat Tokugawa, ils mettent en péril la paix si durement gagnée.